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军队势力窘迫困厄，将帅们军心涣散，太祖推知他必将失败。九月，太祖就同身旁心腹计议，杀了黄巢的监军使严实，率领全郡军民投降王重荣。王重荣当天就赶快写成奏章上报朝廷。当时唐僖宗在蜀郡，看了奏章就高兴地说“：这是上天赐给我的呀。”于是下诏授给太祖左金吾卫大将军的官职，担任河中行营副招讨使，又赐给他名字叫全忠。从此太祖统率他的旧部以及河中的兵士一起行动，所到的地方没有不被攻克而取得胜利的。
三年(883)三月，唐僖宗命令授与太祖宣武军节度使官职，仍旧担任河中行营副招讨使，又命令他等候时机收复京城长安，当即到藩镇赴任。四月，黄巢军队从蓝关撤走，太祖同诸侯们的部队一起收复长安，接着率领部下士兵五百人捧着符节东下。七月三日，进入梁苑。这时太祖年龄三十二岁。当时蔡州刺史秦宗权同黄巢余党纠合，放肆暴虐，一起包围了陈州。很久，唐僖宗就任命太祖为东北面都招讨使。这时汴州、宋州连年流于饥荒，国家和人民都很穷困，钱库和粮库都空了，外面被强大的敌人攻击，内部又有骄横的军队难以控制，短兵交锋两军接战，一天比一天激烈。别人都感到害怕，只有太祖勇气更加高涨。这年十二月，太祖领兵到鹿邑，与黄巢一伙相遇，太祖驱兵攻击他们，砍下敌军头颅两千多个，然后带着队伍进入亳州，因此兼并了谯郡。
四年(884)春天，太祖同许州田从异诸路军队共同收复瓦子寨，杀死敌贼数万人之多。这时，陈州的四面，敌贼营寨接连相望，驱赶掳掠老百姓编列户籍，杀了他们当作粮食，号称为“舂磨寨”太祖分兵扑灭他们，经历大小四十次战斗。四月二十七日，攻取西华寨，敌将黄邺一个人骑着马逃奔到陈州。太祖乘胜追击敌人，擂鼓呐喊前进。正逢黄巢悄悄逃走，于是进入陈州，陈州刺史赵韜到高祖马前相迎。不久听说黄巢余党还在陈州北面的故阳垒，太祖就直接回到大梁。这时，河东节度使李克用奉唐僖宗诏令，统率骑兵数千人马共同图谋攻破敌贼，与太祖会合兵力在中牟的北面向敌贼挑战，在王满渡大败敌贼，很多敌兵束手投降。这时敌将霍存、葛从周、张归厚、张归霸都跪倒在马前，太祖全部赦免了他们的罪行并收容了他们。接着追击残余的敌寇，向东来到了冤句。
五月十四日，太祖同李克用的晋军班师回到汴州，太祖把李克用安置在上源驿客馆里。接着安排了周到的犒劳宴请的礼节，李克用乘喝醉了酒大发脾气，太祖气愤不平。当夜，命令带甲兵士围住李克用住地攻击他。正遇上天下大雨雷鸣电闪，李克用因而得以在闪电的光亮中翻越围墙逃走，只杀了他部下几百人。
六月，陈州人民为了感激太祖替他们解了围的恩惠，为太祖在他们的郡治修建了生前受祭的祠堂。这一年，黄巢虽然死了，但蔡州秦宗权继黄巢之后成为最大的祸首，拥有数万士卒，攻陷相邻郡县，杀害抢劫官吏和人民，屠杀、祸害的残酷比黄巢更为厉害，太祖为此担忧。七月，便同陈州兵民在氵殷水共同攻击蔡州贼军，杀死贼兵几千人。九月二日，唐僖宗就地加封太祖为检校司徒、同平章事，封为沛郡侯，享有一千户食邑。
唐僖宗光启元年(885)春天，蔡州贼寇抢劫亳州、颍州，太祖率领军队前去救助，于是向东到达焦夷，击败数千的贼寇，活捉了贼寇将领殷铁林，砍下他的头悬挂起来传视贼寇后就回来了。三月，僖宗从蜀地回到长安，改元为光启。四月十四日，又加封太祖为检校太保，将食邑增加到一千五百户。十二月，河中、太原的敌军逼近长安，观军容使田令孜侍奉僖宗离开长安抵达凤翔。
二年(886)春天，蔡州贼寇更加猖狂。当时唐朝皇室势力微弱，许多道和州的军队不听皇室的指挥，所以秦宗权得以横行为害，接连攻陷汝、洛、怀、孟、唐、邓、许、郑等州，地域方圆几千里，几乎断绝了人烟，只有宋、亳、滑、颍等州仅能闭关自守而已。太祖多次出兵与他们交战，但是有时胜利有时失败，人们都十分恐惧。
三月一日，僖宗颁布诏令封太祖为沛郡王。同月，僖宗御驾移到兴元府。
五月，嗣襄王李誰在长安违背礼制私自登上帝位，改元为建贞，派使者带着非法诏令到汴州，太祖下令在庭堂上烧掉了伪诏。不久，嗣襄王果然失败了。
七月，蔡州贼寇逼近许州，许州节度使鹿宴弘派使者来求救，太祖派遣葛从周等率领军队赶赴支援。援军还没赶到许州城就陷落了，鹿宴弘被蔡州贼寇杀害。
十一月，滑州节度使安师儒因为怠慢军事和政务，被部下杀害，太祖听到消息，就派朱珍、李唐宾袭击并占领了滑州，因此就拥有了滑台地。十二月，僖宗颁布诏令加封太祖为检校太傅，改封为吴兴郡王，享有三千户的食邑。
这年，郑州被蔡州贼寇攻陷，刺史李。。单骑匹马逃来，太祖宽宥并接纳了他，任他为行军司马。秦宗权已经得到郑州，更加骄横，太祖派偏将在金堤驿巡逻，与贼寇遭遇，乘机攻击他们，众多的贼寇被打得大败，一直追击到武阳桥，杀死一千多人。太祖经常与蔡州贼寇在四郊战斗，既以少击多，又常常出奇制胜，但苦于兵力太少，不能大快人意。秦宗权又由于自己兵力相当于太祖的十倍，对多次被打败感到羞耻，于是对部下发誓坚决攻进夷门。不久抓获了蔡贼的间谍，全部知晓他们的内情，于是太祖谋求增加兵力。
三年(887)春二月一日，按照诏命以朱珍为淄州刺史，派他到东道招募兵士。朱珍到淄、棣等州后，十天之内，应募的有一万多人。又偷袭青州，获得战马千匹，铠甲千副，于是凯旋而归。四月八日，回到夷门，太祖高兴地说“：我大事有成了。”这时，贼将张日至屯扎在北郊，秦贤屯扎在版桥，各自都有几十万人，树起的栅栏相连二十里，势力非常强盛。太祖对诸位将领们说“：这些贼寇正在养精蓄锐以等待时机，一定会来进攻我们。况且秦宗权估计我们兵力少，又不知道朱珍已经来到，以为我们害怕，只能坚守阵地而已。不如现在出其不意，先发制人。”于是亲自领兵进攻秦贤的营寨，将士们奋勇争先，贼寇果然没有防备，接连攻克四座营寨，杀死一万多人，当时贼寇都以为有天神在暗中相助。二十七日，贼将卢瑭带领一万多人在圃田北面的万胜戍沿汴水两岸扎营，跨河面建起桥梁，以控制河运道路。太祖挑选精兵锐卒去袭击他。这天昏暗的大雾四面相合，攻击部队到达敌人营垒才被发现，于是闯入敌营一路杀去，投水而死的贼寇非常多，卢瑭投河自尽。河南的诸多贼寇接连战败，不敢再驻扎，都合并到张日至营寨中。从此蔡州贼寇都感到恐惧，常常在军中自相惊扰相乱。太祖回师休整，大行犒赏，因此军士们各自心怀激昂的斗志，每次遇到敌人没有不奋勇向前的。
五月三日，太祖从酸枣门出兵，从清晨到中午，与敌人短兵相接，大败贼兵，追杀二十多里，死尸堆积。秦宗权对失败感到羞耻，更加放纵他的暴虐，于是从郑州亲自带领几位突击将领，径直奔入张日至军营中。五月八日，兖、郓、滑州的军队都赶来增援，在汴水岸边摆开阵势，旌旗武器非常森严壮观。蔡贼看到这些，不敢出军营。第二天，太祖指挥各路军队，一齐进攻敌贼军营，从清晨四时到下午四时，杀敌两万多人。到夜晚收兵，获得牛马、辎重物品、俘虏、武器铠甲数不清。当夜秦宗权、张日至偷偷逃走，天快亮时追捕他们，追到阳武桥便回来了。秦宗权到郑州，竟然烧尽那里的房屋，屠杀郡城的人民才离开。开始时蔡州贼寇分散兵力进犯陕、洛、孟、怀、许、汝等州，都抢先占据着，因为这次的战败，贼寇们害怕极了，都放弃了州城逃走。太祖于是慎重挑选将佐，使他们修缮城墙壁垒，做战时防守的准备，这样远近流亡失所的人又回来了很多。这时，扬州节度使高骈被副将毕师铎杀害，又有孙儒与杨行密互相攻伐，朝廷不能遏制，于是加封太祖为检校太尉，兼任淮南节度使。
当太祖抵御蔡州贼寇时，郓州朱王宣、兖州朱瑾都领兵来救援。到秦宗权已败，太祖因为朱王宣、朱瑾与自己同姓，又对自己出过力，都送给厚礼让他们回去。朱王宣、朱瑾因为太祖的军士们勇敢强悍，私下心里都很喜爱他们，于是偷偷地在曹州和濮州的边界上悬赏重金布帛来招诱他们，太祖的军士为了财货之利而离开的人很多，太祖于是传送檄文去谴责他们。朱王宣的回话很不礼貌，太祖于是命令朱珍侵袭曹州进攻濮州，以惩罚他们的奸邪。不久，朱珍攻伐曹州，抓住曹州刺史丘礼献给太祖，接着又调动军队包围了濮州。兖州和郓州与太祖之间的间隙，从此就产生了。
十月，僖宗命令水部郎中王赞撰刻纪功碑赐给太祖。同月，太祖亲自率领骑兵几千人在濮河岸边巡视，乘机在范县击败朱王宣的援兵。七日，攻陷濮州，濮州刺史朱裕一人骑马逃往郓州。接着被郓州人打败，一个多月后又回来了。
十二月，僖宗派遣使者赐给太祖铁券，又命翰林承旨刘崇望撰刻德政碑赐给太祖。
文德元年(888)正月，太祖率领军队向东奔赴淮南，行程中驻扎在宋州时，听到杨行密已经攻下扬州，于是回师。这时，李。。、郭言到淮河岸边，被徐州军队扼阻，不能前行只好返回。太祖大怒，便计划讨伐徐州。
二月十八日，僖宗诏令任太祖为蔡州四面行营都统，从此各镇的军队受太祖的控制指挥。
三月三日，唐昭宗即位。同月，蔡州人石。。率领一万多人剽掠陈州、亳州，太祖派朱珍率领精锐骑兵几千人擒获石。。献上。
四月一日，魏博镇乐彦祯违背律令，他儿子乐从训逃奔到相州，派人来请求太祖派军队援助。太祖派朱珍率领大军渡过黄河，接连攻占黎阳、临河两邑。不久魏博镇军队推举小校官罗弘信当统帅。罗弘信当上统帅后，派遣使者到汴州致意，太祖厚待使者并接受了他的求和心意，就命令朱珍班师。同月，河南尹张全义在河阳袭击李罕之，打败了他。李罕之一人骑马出逃，到太原请求救兵，李克用派出一万骑兵去支援他。李罕之就收聚自己的部队，与太原晋军一起联合兵力，急攻河阳。张全义十分危急，派遣使者到汴州求救，太祖派丁会、牛存节、葛从周率领军队奔赴救援，在温县发生激烈战斗，晋军和李罕之都被打败。于是解除了河桥的围困，张全义回到河阳，趁便以丁会作为河阳留后。
五月三日，昭宗诏令授太祖为检校侍中，增加食邑到三千户。戊辰，诏令将太祖的故乡改叫衣锦乡，村里叫作沛王里。同月，太祖认为已经拥有了洛、孟地区，解除了对西部的忧虑，准备大力整顿军队，尽力诛除蔡州贼寇。恰好遇上蔡州人赵德。。将汉南地区全部归降朝廷，又派遣使者向太祖求和，发誓尽力一同讨伐秦宗权。太祖向朝廷上表奏明这件事，朝廷于是任赵德。。为蔡州四面副都统。又将河阳、保义、义昌三处节度使作为太祖的行军司马，兼管粮食马料等后勤供应。到这时，太祖统领诸侯的军队会合赵德。。到汝水边去攻伐蔡州贼寇，于是逼近蔡州城。在五天之内，建起二十八座兵寨包围蔡州城，这是仿照天上二十八星宿的数量。这时太祖亲自冒着敌人的弓箭炮石指挥战斗，一天，一支飞来的箭射中了他的左腋，鲜血浸透了单衣，太祖对身旁的人说：“不要让别人知道。”
九月，因为粮食运输供应不上，便撤回军队。这时，太祖知道秦宗权的残渣余孽已不足以构成祸害，就转移部队去攻伐徐州。
十月，太祖派朱珍率领军队在吴康镇与徐州时溥交战，徐州兵马被打得大败，接连占领丰、萧两座城邑，时溥带着击散了的骑兵逃进了彭门。太祖命令分出一支兵力去攻打宿州，宿州刺史张友带着符节印章投降。不久徐州人关闭城门坚守，太祖就命令庞师古屯扎部队守着徐州，自己回去了。同月，蔡州贼寇孙儒攻陷扬州，自称为淮南节度使。
龙纪元年(889)正月，庞师古攻下宿迁县，向吕梁进军。时溥率领两万军队，首先压住庞师古的军队摆开战阵，庞师古紧急迎战，击败时溥，杀敌两千多人，时溥又逃进彭门。
二月，蔡贼将领申丛派遣使者报告说，已将秦宗权捆缚在营帐下面，折断了他的腿而囚禁起来了。太祖当天接受诏令以申丛为淮西留后官。不久，申丛又被都将郭。。杀害。同月，郭。。押解秦宗权前来献给太祖，太祖派遣行军司马李。。、牙校朱克让用囚车将秦宗权解押到长安。押到后，昭宗前往延喜楼接受俘虏，立即在一棵独柳树下面将秦宗权斩首。蔡州平定。昭宗诏令增加太祖食邑实封一百户，赐给庄园和住宅各一处。三月，又加封太祖为检校太尉、兼任中书令，提封为东平王，以奖赏平定蔡州的功劳。
大顺元年(890)四月一日，宿州小将领张筠驱逐刺史张绍光，胁迫众人投靠时溥。太祖率领亲信部队征讨他，杀死一千多名敌人，张筠于是坚守城池。乙卯日，时溥出兵蹂躏砀山县，太祖派遣朱友裕领兵袭击他，击败徐州叛军三千多人，俘虏沙陀援军石君和等三十人，杀死在宿州城下。
六月七日，淮南孙儒派遣使者与太祖亲善友好，太祖上表奏明这件事，请求将淮南节度使授予孙儒。十七日，昭宗任命太祖为宣义军节度使，又充任河东东面行营招讨使，因当时朝廷宰臣张浚正在领兵攻伐太原。
八月一日，昭义军都将冯霸杀死了沙陀人所任命的节度使李克恭来投降，太祖请河阳节度使朱崇节作为潞州留后。十五日，李克用亲自率领蕃族汉族步兵骑兵几万人包围了潞州，太祖派遣葛从周率领骁勇善战的兵士，夜中悄悄地穿过包围圈潜入潞州。
九月十九日，太祖到河阳，派遣都将李谠领军直奔泽州、潞州，走到马牢川时，被晋人打败。太祖又派遣朱友裕、张全义率领精兵到泽州北面作为接应援助。不久朱从节、葛从周放弃潞州归来。二十五日，太祖在办公厅堂上责备众位将领的败军之罪，砍下李谠、李重胤的首级传视军中，就回师了。
十月三日，太祖从河阳到滑台。当时奉诏令将讨伐太原，先派遣使者向魏州人借路通过，魏州人不答应。在这之前，太祖曾派信使雷邺向魏州请购粮食，不久被罗弘信的牙军杀害。罗弘信害怕，所以不敢听命，而跟太原互通友好。
十二月二十日，太祖派遣丁会、葛从周率领部队渡过黄河攻取黎阳、临河，又命令庞师古、霍存攻占淇门、卫县，太祖率领大军徐徐地跟随在他们后面。
二年(891)春正月，魏州军队屯扎在内黄。五日，太祖与魏军交战，从内黄到永定桥，魏军连败五次，杀死魏军一万多人。罗弘信害怕，派遣使者带很多的钱来请求讲和。太祖下令停止对魏州的焚烧抢掠并归还俘虏给他，罗弘信因而感激欢悦听从命令。太祖于是收兵驻扎在黄河岸边。
八月十二日，太祖派遣丁会急攻宿州，宿州刺史张筠坚守城池，丁会于是带领众人在宿州东边筑起堤堰，堵拦汴水来淹浸宿州。十月五日，张筠才投降，宿州平定。
十一月一日，曹州副将郭绍宾杀死刺史郭饶，带着全郡军民投降。同月，徐州将领刘知俊率领两千人投降，从此徐州军势不振。
十二月，兖州朱瑾率领三万士兵进犯单父，太祖派丁会率领大军攻袭他，在金乡界打败他们，杀敌两万多人，朱瑾一人骑马逃走。
景福元年(892)二月三日，太祖亲征郓州，先派朱友裕驻军斗门。九日夜晚，郓州朱王宣率领一万步兵骑兵在斗门袭击朱友裕，朱友裕领军南退。十日，太祖一早营救斗门，不知道朱友裕已经撤退，在前面先到斗门的人都被郓军杀害。太祖追击郓军直到瓠河，没追上，于是将部队驻扎在各村庄。当时朱王宣还在濮州。十二日，遇上朱王宣率领兵士准备回到郓州，前来冲击。太祖驱马南奔，被敌军追赶非常危急，前面有深峻的堑沟，太祖跃马而过，张归厚持鞘矛殿后奋力迎战，才得以逃脱。这时李。。和几位部将全被郓军杀害。
十一月，太祖派朱友裕领兵攻击濮州，占领了它，擒获刺史邵儒献上，濮州平定。于是下令转移军队攻伐徐州。
二年(893)四月十九日，庞师古攻下彭门，割下时溥首级献上。
乾宁元年(894)二月，太祖亲自率领大军从郓州东路向北到达鱼山。朱王宣侦察到后，就领兵直奔鱼山，而且想速战速决。太祖整顿军队出营时，朱王宣、朱瑾已在前面摆好阵势。突然间刮起强烈的东南风，太祖军旗乱了行次，兵士都有怯色，太祖立即命令骑兵扬鞭呐喊，一下子西北风猛然刮起，这时两军都在杂草中间，太祖乘机下令放火，顷刻烟雾火焰连天，太祖乘势进攻敌方阵地，朱王宣、朱瑾大败，被杀死一万多人，残兵拥挤着进入清河城，太祖在鱼山下收聚敌尸筑起高大的坟墓以纪战功，驻军几天后返回。
二年(895)正月二十九日，太祖派朱友恭率领军队再次攻伐兖州，挖成堑壕围住兖城。不久，朱王宣从郓州率领步卒骑兵运送支援的粮食想进入兖州，朱友恭埋下伏兵击败了他们，在高吴将他们的军粮全部夺过来，趁机俘虏了蕃将安福顺、安福庆。
二月二十一日，太祖率领亲信部队驻扎在单父，作为朱友恭的后援。
四月，濠州、寿州又被杨行密攻陷。这时，太原派将领史俨儿、李承嗣带领一万骑兵驰援郓州。朱友恭于是退回汴州。
八月，太祖率领亲信部队攻伐郓州，到大仇时，派前锋部队挑战，在梁山埋下伏兵以待。不久俘虏蕃将史完府，夺得战马数百匹。朱王宣脱身逃回郓城。
十月，太祖驻军郓州，齐州刺史朱琼派使者前来请求投降，朱琼就是朱瑾的堂兄。太祖于是将部队转往兖州，朱琼果然来投降。不久，朱琼被朱瑾欺骗，被抓住杀害了，太祖就以朱琼弟弟朱王比为齐州防御使。
十一月，朱王宣又派部将贺瑰、柳存以及蕃将何怀宝等一万多人袭击曹州，想解除兖州的围困。太祖知道后，从兖州带领军队策马飞奔到钜野南边，追击敌寇并打败他们，敌寇几乎被全部杀尽，活捉了贺瑰、柳存、何怀宝及剩余贼党三千多人。这天下午四时，忽然刮起狂风，沙尘飞腾，太祖说：“这是杀人还不够。”于是下令将所获俘虏全部杀光，狂风才停止。第二天，捆起贺瑰等将领在兖州城下示众，太祖平素知道贺瑰名声，于是放了他，只在兖州城下杀了何怀宝，然后班师。
三年(896)六月，李克用率领蕃族、汉族等军队在斥丘扎营，派他儿子落落领着铁林小儿骑兵三千人逼近洹水。葛从周与他们战斗，大败他们，活捉落落献上。李克用悲痛惊骇，请求重修过去的友好亲善以赎回他儿子，太祖不答应，就将落落押送给罗弘信，杀了他。七天后，太祖军队回来驻扎在阳留以攻伐郓州。
四年(897)正月，太祖率领洹水的军队大举攻伐郓州。十五日，在济水旁边安营扎寨，庞师古命令诸将撤下各种树木搭起桥梁。十九日夜晚，庞师古率领中军先渡过济水，呐喊声震撼郓城，朱王宣听到后，弃城夜逃。葛从周追到中都北面，抓住了朱王宣和他的妻子儿女献上，立即诛杀在汴桥下面。郓州平定。二十三日，太祖进入郓城，任命朱友裕为郓州兵马留后。这时太祖听说朱瑾与史俨儿在丰、沛一带搜括军粮，只留下康怀英据守兖州，太祖因而乘胜派遣葛从周带领大军袭击兖州。康怀英听说郓城失守，接着又有葛从周大军来临，就出城投降。朱瑾、史俨儿便逃奔淮南。兖、海、沂、密等州平定。于是以葛存周任兖州留后。
九月，太祖因为兖、郓等州已经平定，将士们雄猛骁勇，于是大举南征淮南。命令庞师古率领徐、宿、宋、滑等州部队直奔清口，葛从周率领兖、郓、曹、濮等州部队径赴安丰。淮南人派朱瑾领兵抵拒庞师古，朱瑾便决淮水来淹庞师古部队，庞师古于是被淮南人打败，庞师古战死。葛从周行军到濠梁，听说庞师古失败了，也下令回师撤军。
军队势力窘迫困厄，将帅们军心涣散，太祖推知他必将失败。九月，太祖就同身旁心腹计议，杀了黄巢的监军使严实，率领全郡军民投降王重荣。王重荣当天就赶快写成奏章上报朝廷。当时唐僖宗在蜀郡，看了奏章就高兴地说“：这是上天赐给我的呀。”于是下诏授给太祖左金吾卫大将军的官职，担任河中行营副招讨使，又赐给他名字叫全忠。从此太祖统率他的旧部以及河中的兵士一起行动，所到的地方没有不被攻克而取得胜利的。
三年(883)三月，唐僖宗命令授与太祖宣武军节度使官职，仍旧担任河中行营副招讨使，又命令他等候时机收复京城长安，当即到藩镇赴任。四月，黄巢军队从蓝关撤走，太祖同诸侯们的部队一起收复长安，接着率领部下士兵五百人捧着符节东下。七月三日，进入梁苑。这时太祖年龄三十二岁。当时蔡州刺史秦宗权同黄巢余党纠合，放肆暴虐，一起包围了陈州。很久，唐僖宗就任命太祖为东北面都招讨使。这时汴州、宋州连年流于饥荒，国家和人民都很穷困，钱库和粮库都空了，外面被强大的敌人攻击，内部又有骄横的军队难以控制，短兵交锋两军接战，一天比一天激烈。别人都感到害怕，只有太祖勇气更加高涨。这年十二月，太祖领兵到鹿邑，与黄巢一伙相遇，太祖驱兵攻击他们，砍下敌军头颅两千多个，然后带着队伍进入亳州，因此兼并了谯郡。
四年(884)春天，太祖同许州田从异诸路军队共同收复瓦子寨，杀死敌贼数万人之多。这时，陈州的四面，敌贼营寨接连相望，驱赶掳掠老百姓编列户籍，杀了他们当作粮食，号称为“舂磨寨”太祖分兵扑灭他们，经历大小四十次战斗。四月二十七日，攻取西华寨，敌将黄邺一个人骑着马逃奔到陈州。太祖乘胜追击敌人，擂鼓呐喊前进。正逢黄巢悄悄逃走，于是进入陈州，陈州刺史赵韜到高祖马前相迎。不久听说黄巢余党还在陈州北面的故阳垒，太祖就直接回到大梁。这时，河东节度使李克用奉唐僖宗诏令，统率骑兵数千人马共同图谋攻破敌贼，与太祖会合兵力在中牟的北面向敌贼挑战，在王满渡大败敌贼，很多敌兵束手投降。这时敌将霍存、葛从周、张归厚、张归霸都跪倒在马前，太祖全部赦免了他们的罪行并收容了他们。接着追击残余的敌寇，向东来到了冤句。
五月十四日，太祖同李克用的晋军班师回到汴州，太祖把李克用安置在上源驿客馆里。接着安排了周到的犒劳宴请的礼节，李克用乘喝醉了酒大发脾气，太祖气愤不平。当夜，命令带甲兵士围住李克用住地攻击他。正遇上天下大雨雷鸣电闪，李克用因而得以在闪电的光亮中翻越围墙逃走，只杀了他部下几百人。
六月，陈州人民为了感激太祖替他们解了围的恩惠，为太祖在他们的郡治修建了生前受祭的祠堂。这一年，黄巢虽然死了，但蔡州秦宗权继黄巢之后成为最大的祸首，拥有数万士卒，攻陷相邻郡县，杀害抢劫官吏和人民，屠杀、祸害的残酷比黄巢更为厉害，太祖为此担忧。七月，便同陈州兵民在氵殷水共同攻击蔡州贼军，杀死贼兵几千人。九月二日，唐僖宗就地加封太祖为检校司徒、同平章事，封为沛郡侯，享有一千户食邑。
唐僖宗光启元年(885)春天，蔡州贼寇抢劫亳州、颍州，太祖率领军队前去救助，于是向东到达焦夷，击败数千的贼寇，活捉了贼寇将领殷铁林，砍下他的头悬挂起来传视贼寇后就回来了。三月，僖宗从蜀地回到长安，改元为光启。四月十四日，又加封太祖为检校太保，将食邑增加到一千五百户。十二月，河中、太原的敌军逼近长安，观军容使田令孜侍奉僖宗离开长安抵达凤翔。
二年(886)春天，蔡州贼寇更加猖狂。当时唐朝皇室势力微弱，许多道和州的军队不听皇室的指挥，所以秦宗权得以横行为害，接连攻陷汝、洛、怀、孟、唐、邓、许、郑等州，地域方圆几千里，几乎断绝了人烟，只有宋、亳、滑、颍等州仅能闭关自守而已。太祖多次出兵与他们交战，但是有时胜利有时失败，人们都十分恐惧。
三月一日，僖宗颁布诏令封太祖为沛郡王。同月，僖宗御驾移到兴元府。
五月，嗣襄王李誰在长安违背礼制私自登上帝位，改元为建贞，派使者带着非法诏令到汴州，太祖下令在庭堂上烧掉了伪诏。不久，嗣襄王果然失败了。
七月，蔡州贼寇逼近许州，许州节度使鹿宴弘派使者来求救，太祖派遣葛从周等率领军队赶赴支援。援军还没赶到许州城就陷落了，鹿宴弘被蔡州贼寇杀害。
十一月，滑州节度使安师儒因为怠慢军事和政务，被部下杀害，太祖听到消息，就派朱珍、李唐宾袭击并占领了滑州，因此就拥有了滑台地。十二月，僖宗颁布诏令加封太祖为检校太傅，改封为吴兴郡王，享有三千户的食邑。
这年，郑州被蔡州贼寇攻陷，刺史李。。单骑匹马逃来，太祖宽宥并接纳了他，任他为行军司马。秦宗权已经得到郑州，更加骄横，太祖派偏将在金堤驿巡逻，与贼寇遭遇，乘机攻击他们，众多的贼寇被打得大败，一直追击到武阳桥，杀死一千多人。太祖经常与蔡州贼寇在四郊战斗，既以少击多，又常常出奇制胜，但苦于兵力太少，不能大快人意。秦宗权又由于自己兵力相当于太祖的十倍，对多次被打败感到羞耻，于是对部下发誓坚决攻进夷门。不久抓获了蔡贼的间谍，全部知晓他们的内情，于是太祖谋求增加兵力。
三年(887)春二月一日，按照诏命以朱珍为淄州刺史，派他到东道招募兵士。朱珍到淄、棣等州后，十天之内，应募的有一万多人。又偷袭青州，获得战马千匹，铠甲千副，于是凯旋而归。四月八日，回到夷门，太祖高兴地说“：我大事有成了。”这时，贼将张日至屯扎在北郊，秦贤屯扎在版桥，各自都有几十万人，树起的栅栏相连二十里，势力非常强盛。太祖对诸位将领们说“：这些贼寇正在养精蓄锐以等待时机，一定会来进攻我们。况且秦宗权估计我们兵力少，又不知道朱珍已经来到，以为我们害怕，只能坚守阵地而已。不如现在出其不意，先发制人。”于是亲自领兵进攻秦贤的营寨，将士们奋勇争先，贼寇果然没有防备，接连攻克四座营寨，杀死一万多人，当时贼寇都以为有天神在暗中相助。二十七日，贼将卢瑭带领一万多人在圃田北面的万胜戍沿汴水两岸扎营，跨河面建起桥梁，以控制河运道路。太祖挑选精兵锐卒去袭击他。这天昏暗的大雾四面相合，攻击部队到达敌人营垒才被发现，于是闯入敌营一路杀去，投水而死的贼寇非常多，卢瑭投河自尽。河南的诸多贼寇接连战败，不敢再驻扎，都合并到张日至营寨中。从此蔡州贼寇都感到恐惧，常常在军中自相惊扰相乱。太祖回师休整，大行犒赏，因此军士们各自心怀激昂的斗志，每次遇到敌人没有不奋勇向前的。
五月三日，太祖从酸枣门出兵，从清晨到中午，与敌人短兵相接，大败贼兵，追杀二十多里，死尸堆积。秦宗权对失败感到羞耻，更加放纵他的暴虐，于是从郑州亲自带领几位突击将领，径直奔入张日至军营中。五月八日，兖、郓、滑州的军队都赶来增援，在汴水岸边摆开阵势，旌旗武器非常森严壮观。蔡贼看到这些，不敢出军营。第二天，太祖指挥各路军队，一齐进攻敌贼军营，从清晨四时到下午四时，杀敌两万多人。到夜晚收兵，获得牛马、辎重物品、俘虏、武器铠甲数不清。当夜秦宗权、张日至偷偷逃走，天快亮时追捕他们，追到阳武桥便回来了。秦宗权到郑州，竟然烧尽那里的房屋，屠杀郡城的人民才离开。开始时蔡州贼寇分散兵力进犯陕、洛、孟、怀、许、汝等州，都抢先占据着，因为这次的战败，贼寇们害怕极了，都放弃了州城逃走。太祖于是慎重挑选将佐，使他们修缮城墙壁垒，做战时防守的准备，这样远近流亡失所的人又回来了很多。这时，扬州节度使高骈被副将毕师铎杀害，又有孙儒与杨行密互相攻伐，朝廷不能遏制，于是加封太祖为检校太尉，兼任淮南节度使。
当太祖抵御蔡州贼寇时，郓州朱王宣、兖州朱瑾都领兵来救援。到秦宗权已败，太祖因为朱王宣、朱瑾与自己同姓，又对自己出过力，都送给厚礼让他们回去。朱王宣、朱瑾因为太祖的军士们勇敢强悍，私下心里都很喜爱他们，于是偷偷地在曹州和濮州的边界上悬赏重金布帛来招诱他们，太祖的军士为了财货之利而离开的人很多，太祖于是传送檄文去谴责他们。朱王宣的回话很不礼貌，太祖于是命令朱珍侵袭曹州进攻濮州，以惩罚他们的奸邪。不久，朱珍攻伐曹州，抓住曹州刺史丘礼献给太祖，接着又调动军队包围了濮州。兖州和郓州与太祖之间的间隙，从此就产生了。
十月，僖宗命令水部郎中王赞撰刻纪功碑赐给太祖。同月，太祖亲自率领骑兵几千人在濮河岸边巡视，乘机在范县击败朱王宣的援兵。七日，攻陷濮州，濮州刺史朱裕一人骑马逃往郓州。接着被郓州人打败，一个多月后又回来了。
十二月，僖宗派遣使者赐给太祖铁券，又命翰林承旨刘崇望撰刻德政碑赐给太祖。
文德元年(888)正月，太祖率领军队向东奔赴淮南，行程中驻扎在宋州时，听到杨行密已经攻下扬州，于是回师。这时，李。。、郭言到淮河岸边，被徐州军队扼阻，不能前行只好返回。太祖大怒，便计划讨伐徐州。
二月十八日，僖宗诏令任太祖为蔡州四面行营都统，从此各镇的军队受太祖的控制指挥。
三月三日，唐昭宗即位。同月，蔡州人石。。率领一万多人剽掠陈州、亳州，太祖派朱珍率领精锐骑兵几千人擒获石。。献上。
四月一日，魏博镇乐彦祯违背律令，他儿子乐从训逃奔到相州，派人来请求太祖派军队援助。太祖派朱珍率领大军渡过黄河，接连攻占黎阳、临河两邑。不久魏博镇军队推举小校官罗弘信当统帅。罗弘信当上统帅后，派遣使者到汴州致意，太祖厚待使者并接受了他的求和心意，就命令朱珍班师。同月，河南尹张全义在河阳袭击李罕之，打败了他。李罕之一人骑马出逃，到太原请求救兵，李克用派出一万骑兵去支援他。李罕之就收聚自己的部队，与太原晋军一起联合兵力，急攻河阳。张全义十分危急，派遣使者到汴州求救，太祖派丁会、牛存节、葛从周率领军队奔赴救援，在温县发生激烈战斗，晋军和李罕之都被打败。于是解除了河桥的围困，张全义回到河阳，趁便以丁会作为河阳留后。
五月三日，昭宗诏令授太祖为检校侍中，增加食邑到三千户。戊辰，诏令将太祖的故乡改叫衣锦乡，村里叫作沛王里。同月，太祖认为已经拥有了洛、孟地区，解除了对西部的忧虑，准备大力整顿军队，尽力诛除蔡州贼寇。恰好遇上蔡州人赵德。。将汉南地区全部归降朝廷，又派遣使者向太祖求和，发誓尽力一同讨伐秦宗权。太祖向朝廷上表奏明这件事，朝廷于是任赵德。。为蔡州四面副都统。又将河阳、保义、义昌三处节度使作为太祖的行军司马，兼管粮食马料等后勤供应。到这时，太祖统领诸侯的军队会合赵德。。到汝水边去攻伐蔡州贼寇，于是逼近蔡州城。在五天之内，建起二十八座兵寨包围蔡州城，这是仿照天上二十八星宿的数量。这时太祖亲自冒着敌人的弓箭炮石指挥战斗，一天，一支飞来的箭射中了他的左腋，鲜血浸透了单衣，太祖对身旁的人说：“不要让别人知道。”
九月，因为粮食运输供应不上，便撤回军队。这时，太祖知道秦宗权的残渣余孽已不足以构成祸害，就转移部队去攻伐徐州。
十月，太祖派朱珍率领军队在吴康镇与徐州时溥交战，徐州兵马被打得大败，接连占领丰、萧两座城邑，时溥带着击散了的骑兵逃进了彭门。太祖命令分出一支兵力去攻打宿州，宿州刺史张友带着符节印章投降。不久徐州人关闭城门坚守，太祖就命令庞师古屯扎部队守着徐州，自己回去了。同月，蔡州贼寇孙儒攻陷扬州，自称为淮南节度使。
龙纪元年(889)正月，庞师古攻下宿迁县，向吕梁进军。时溥率领两万军队，首先压住庞师古的军队摆开战阵，庞师古紧急迎战，击败时溥，杀敌两千多人，时溥又逃进彭门。
二月，蔡贼将领申丛派遣使者报告说，已将秦宗权捆缚在营帐下面，折断了他的腿而囚禁起来了。太祖当天接受诏令以申丛为淮西留后官。不久，申丛又被都将郭。。杀害。同月，郭。。押解秦宗权前来献给太祖，太祖派遣行军司马李。。、牙校朱克让用囚车将秦宗权解押到长安。押到后，昭宗前往延喜楼接受俘虏，立即在一棵独柳树下面将秦宗权斩首。蔡州平定。昭宗诏令增加太祖食邑实封一百户，赐给庄园和住宅各一处。三月，又加封太祖为检校太尉、兼任中书令，提封为东平王，以奖赏平定蔡州的功劳。
大顺元年(890)四月一日，宿州小将领张筠驱逐刺史张绍光，胁迫众人投靠时溥。太祖率领亲信部队征讨他，杀死一千多名敌人，张筠于是坚守城池。乙卯日，时溥出兵蹂躏砀山县，太祖派遣朱友裕领兵袭击他，击败徐州叛军三千多人，俘虏沙陀援军石君和等三十人，杀死在宿州城下。
六月七日，淮南孙儒派遣使者与太祖亲善友好，太祖上表奏明这件事，请求将淮南节度使授予孙儒。十七日，昭宗任命太祖为宣义军节度使，又充任河东东面行营招讨使，因当时朝廷宰臣张浚正在领兵攻伐太原。
八月一日，昭义军都将冯霸杀死了沙陀人所任命的节度使李克恭来投降，太祖请河阳节度使朱崇节作为潞州留后。十五日，李克用亲自率领蕃族汉族步兵骑兵几万人包围了潞州，太祖派遣葛从周率领骁勇善战的兵士，夜中悄悄地穿过包围圈潜入潞州。
九月十九日，太祖到河阳，派遣都将李谠领军直奔泽州、潞州，走到马牢川时，被晋人打败。太祖又派遣朱友裕、张全义率领精兵到泽州北面作为接应援助。不久朱从节、葛从周放弃潞州归来。二十五日，太祖在办公厅堂上责备众位将领的败军之罪，砍下李谠、李重胤的首级传视军中，就回师了。
十月三日，太祖从河阳到滑台。当时奉诏令将讨伐太原，先派遣使者向魏州人借路通过，魏州人不答应。在这之前，太祖曾派信使雷邺向魏州请购粮食，不久被罗弘信的牙军杀害。罗弘信害怕，所以不敢听命，而跟太原互通友好。
十二月二十日，太祖派遣丁会、葛从周率领部队渡过黄河攻取黎阳、临河，又命令庞师古、霍存攻占淇门、卫县，太祖率领大军徐徐地跟随在他们后面。
二年(891)春正月，魏州军队屯扎在内黄。五日，太祖与魏军交战，从内黄到永定桥，魏军连败五次，杀死魏军一万多人。罗弘信害怕，派遣使者带很多的钱来请求讲和。太祖下令停止对魏州的焚烧抢掠并归还俘虏给他，罗弘信因而感激欢悦听从命令。太祖于是收兵驻扎在黄河岸边。
八月十二日，太祖派遣丁会急攻宿州，宿州刺史张筠坚守城池，丁会于是带领众人在宿州东边筑起堤堰，堵拦汴水来淹浸宿州。十月五日，张筠才投降，宿州平定。
十一月一日，曹州副将郭绍宾杀死刺史郭饶，带着全郡军民投降。同月，徐州将领刘知俊率领两千人投降，从此徐州军势不振。
十二月，兖州朱瑾率领三万士兵进犯单父，太祖派丁会率领大军攻袭他，在金乡界打败他们，杀敌两万多人，朱瑾一人骑马逃走。
景福元年(892)二月三日，太祖亲征郓州，先派朱友裕驻军斗门。九日夜晚，郓州朱王宣率领一万步兵骑兵在斗门袭击朱友裕，朱友裕领军南退。十日，太祖一早营救斗门，不知道朱友裕已经撤退，在前面先到斗门的人都被郓军杀害。太祖追击郓军直到瓠河，没追上，于是将部队驻扎在各村庄。当时朱王宣还在濮州。十二日，遇上朱王宣率领兵士准备回到郓州，前来冲击。太祖驱马南奔，被敌军追赶非常危急，前面有深峻的堑沟，太祖跃马而过，张归厚持鞘矛殿后奋力迎战，才得以逃脱。这时李。。和几位部将全被郓军杀害。
十一月，太祖派朱友裕领兵攻击濮州，占领了它，擒获刺史邵儒献上，濮州平定。于是下令转移军队攻伐徐州。
二年(893)四月十九日，庞师古攻下彭门，割下时溥首级献上。
乾宁元年(894)二月，太祖亲自率领大军从郓州东路向北到达鱼山。朱王宣侦察到后，就领兵直奔鱼山，而且想速战速决。太祖整顿军队出营时，朱王宣、朱瑾已在前面摆好阵势。突然间刮起强烈的东南风，太祖军旗乱了行次，兵士都有怯色，太祖立即命令骑兵扬鞭呐喊，一下子西北风猛然刮起，这时两军都在杂草中间，太祖乘机下令放火，顷刻烟雾火焰连天，太祖乘势进攻敌方阵地，朱王宣、朱瑾大败，被杀死一万多人，残兵拥挤着进入清河城，太祖在鱼山下收聚敌尸筑起高大的坟墓以纪战功，驻军几天后返回。
二年(895)正月二十九日，太祖派朱友恭率领军队再次攻伐兖州，挖成堑壕围住兖城。不久，朱王宣从郓州率领步卒骑兵运送支援的粮食想进入兖州，朱友恭埋下伏兵击败了他们，在高吴将他们的军粮全部夺过来，趁机俘虏了蕃将安福顺、安福庆。
二月二十一日，太祖率领亲信部队驻扎在单父，作为朱友恭的后援。
四月，濠州、寿州又被杨行密攻陷。这时，太原派将领史俨儿、李承嗣带领一万骑兵驰援郓州。朱友恭于是退回汴州。
八月，太祖率领亲信部队攻伐郓州，到大仇时，派前锋部队挑战，在梁山埋下伏兵以待。不久俘虏蕃将史完府，夺得战马数百匹。朱王宣脱身逃回郓城。
十月，太祖驻军郓州，齐州刺史朱琼派使者前来请求投降，朱琼就是朱瑾的堂兄。太祖于是将部队转往兖州，朱琼果然来投降。不久，朱琼被朱瑾欺骗，被抓住杀害了，太祖就以朱琼弟弟朱王比为齐州防御使。
十一月，朱王宣又派部将贺瑰、柳存以及蕃将何怀宝等一万多人袭击曹州，想解除兖州的围困。太祖知道后，从兖州带领军队策马飞奔到钜野南边，追击敌寇并打败他们，敌寇几乎被全部杀尽，活捉了贺瑰、柳存、何怀宝及剩余贼党三千多人。这天下午四时，忽然刮起狂风，沙尘飞腾，太祖说：“这是杀人还不够。”于是下令将所获俘虏全部杀光，狂风才停止。第二天，捆起贺瑰等将领在兖州城下示众，太祖平素知道贺瑰名声，于是放了他，只在兖州城下杀了何怀宝，然后班师。
三年(896)六月，李克用率领蕃族、汉族等军队在斥丘扎营，派他儿子落落领着铁林小儿骑兵三千人逼近洹水。葛从周与他们战斗，大败他们，活捉落落献上。李克用悲痛惊骇，请求重修过去的友好亲善以赎回他儿子，太祖不答应，就将落落押送给罗弘信，杀了他。七天后，太祖军队回来驻扎在阳留以攻伐郓州。
四年(897)正月，太祖率领洹水的军队大举攻伐郓州。十五日，在济水旁边安营扎寨，庞师古命令诸将撤下各种树木搭起桥梁。十九日夜晚，庞师古率领中军先渡过济水，呐喊声震撼郓城，朱王宣听到后，弃城夜逃。葛从周追到中都北面，抓住了朱王宣和他的妻子儿女献上，立即诛杀在汴桥下面。郓州平定。二十三日，太祖进入郓城，任命朱友裕为郓州兵马留后。这时太祖听说朱瑾与史俨儿在丰、沛一带搜括军粮，只留下康怀英据守兖州，太祖因而乘胜派遣葛从周带领大军袭击兖州。康怀英听说郓城失守，接着又有葛从周大军来临，就出城投降。朱瑾、史俨儿便逃奔淮南。兖、海、沂、密等州平定。于是以葛存周任兖州留后。
九月，太祖因为兖、郓等州已经平定，将士们雄猛骁勇，于是大举南征淮南。命令庞师古率领徐、宿、宋、滑等州部队直奔清口，葛从周率领兖、郓、曹、濮等州部队径赴安丰。淮南人派朱瑾领兵抵拒庞师古，朱瑾便决淮水来淹庞师古部队，庞师古于是被淮南人打败，庞师古战死。葛从周行军到濠梁，听说庞师古失败了，也下令回师撤军。